La red de transportes de Santander se basa en varias líneas de autobuses urbanos, gestionados por la empresa municipal TUS. Esta empresa fue nombrada "Empresa del año 2006" por la revista "Autobuses&Autocares" (premio nacional que anualmente otorga dicha revista).

Por otro lado, se prevé la construcción del Metro de Santander, compuesto por líneas de metro ligero (actualmente en estudio) y un funicular inaugurado en Julio del 2008. Además, Santander tiene comunicación con los núcleos del área metropolitana mediante dos líneas cercanías Feve, una de cercanías Renfe y varias líneas de autobuses. En cuanto a las comunicaciones interurbanas, destacan las autovías A-8, A-67 y los ferrocarriles de Renfe y Feve, especialmente de Renfe, compañía en la que destacan los trenes Alvia con destino Alicante via Madrid.

Cabe destacar la existencia de una línea de ferry que conecta la capital cántabra con la ciudad inglesa de Plymouth. Este viaje es llevado a cabo por la naviera bretona Brittany Ferries, la cual posee otra línea ro-ro entre ambos puertos con un barco de carga rodada pero en este caso únicamente para el transporte de vehículos pesados. Por otro lado, existe un servicio regular de lanchas Santander - Pedreña - Somo llevado a cabo por Los Reginas S.A.

Por último, cabe destacar el Aeropuerto de Santander, conocido como Aeropuerto de Parayas que se encuentra en el vecino municipio de Camargo, construido sobre terrenos de marisma rellenados de la bahía y que fue abierto al tráfico en 1977.

Hasta el año 2003 las instalaciones se consideraban infrautilizadas debido a los escasos vuelos y a sus elevadas tarifas, lo que hacía que los potenciales pasajeros se desplazasen hasta el Aeropuerto de Bilbao. A partir de esta fecha, y a raíz de un acuerdo firmado entre el Gobierno de Cantabria y la aerolínea de bajo coste Ryanair (originaria de Irlanda y fundada en el año 1985), el incremento en el número vuelos que operan hoy en día y el abaratamiento de los billetes ha aumentado considerablemente el tránsito de pasajeros tanto nacionales (en menor medida) como internacionales.

En el año 2007 el aeropuerto alcanzó los 770.000 pasajeros, creciendo un 27% con respecto al año anterior y teniendo un equilibrio de usuarios entre vuelos nacionales e internacionales. Esto supuso una gran mejora en cuanto a afluencia de pasajeros en el aeropuerto. En 2009 se espera alcanzar el millón de usuarios/año.

Los principales destinos nacionales del Aeropuerto de Parayas son: Madrid, Barcelona, Sevilla, Alicante, Valencia, Málaga, Palma de Mallorca, Tenerife y por último Las Palmas de Gran Canaria.

Además tiene vuelos a destinos internacionales como: Roma, Londres (Stansted), Milán-Bérgamo, Fráncfort-Hahn, Pisa, Dublín, Düsseldorf y Bruselas a los que se sumarán otros a partir del año 2010. Todos los vuelos internacionales corresponden a Ryanair.